Po vydání tolerančního patentu 13. října 1781 se spojilo 700 bratří a sester ze 100 rodin ze 70 obcí v okolí Hrochova Týnce, Dašic, Holic, Pardubic a Chrudimi a roku 1783 založili sbor. Za středisko byly vybrány Dvakačovice, protože zde a v sousedních Úhřeticích se prihlásil největší počet tajných evangelíků. Úrady daly k tomuto výběru souhlas, protože Dvakacovice byly jen malou vsí a nebyl tu katolický kostel. Z povolených evangelických vyznání víry si sbor zvolil helvetské vyznání a první kazatele získal z Uher.

Na zádušní stráni u lesa, koupené od vejvanovické katolické farnosti si sbor vybudoval hřbitov, roku 1784 faru a roku 1785 modlitebnu, která tehdy nesměla připomínat kostel.

Karel Nagy byl také seniorem chrudimského seniorátu a má v kostele pamětní desku náhradou za hrob, zrušený při stavbě kostela.

Po roce 1848, kdy se evangelická církev, do té doby jen trpěná (tolerovaná), začala dožadovat zrovnoprávnění s církví římskokatolickou, se dal sbor do stavby velkého kamenného kostela. Začal jej stavět v roce 1852. Mezi tím při požáru obce v roce 1854 vyhořela i modlitebna s farou. Roku 1856 byla dokončena věž nového kostela (5 let před úředním povolením stavění věží u evangelických kostelů). V roce 1853 byl zřízen nový hřbitov za vesnicí u lesa, kam se pohřbívalo do roku 1859.

16.září roku 1860 byl kostel slavnostně vysvěcen. Kostel byl postaven podle návrhu stavitele Františka Schmoranze ze Slatiňan. Na věži kostela byly osazeny 3 zvony. Třetí hřbitov byl vybudován a otevřen 3. září 1860. Farář Esterák byl 12 let seniorem chrudimského seniorátu, zemřel roku 1894 a je pohřben na místním hřbitově.

V roce 1866 došlo na zřízení evangelické školy. Nejprve v domku pod farou č.p. 50. Roku 1881 byla postavena nová jednopatrová školní budova, kde se vyučovalo až do roku 1919. Učiteli cárkevní školy byli:

V roce 1895 vznikl v Chrudimi samostatný sbor oddělením části dvakačovického sboru. V roce 1902 vznikl v Pardubicích filiální sbor, v roce 1921 se osamostatnil a jeho prvním farářem se stal místní farář Pavel Havelka.V roce 1945 ukončil službu faráře v Pardubicích a zbytek života prožil ve Dvakačovicích, kde je také pohřben.

Farář Řepa přišel ze sboru v Horní Čermné. Roku 1921 prodal sbor budovu evangelické školy, v dalších letech postavil nynější faru, opravil střechu kostela, věž kostela byla pokryta měděným plechem, kostel byl vymalován. V roce 1923 byby postaveny nové varhany od firmy Tuček z Kutné Hory.

Farář Strnad přišel ze sboru ve Sloupnici, v roce 1953 přešel do sboru ve Škvorci u Prahy.

Farář PhDr. Antonín Verner přišel ze sboru v Kolíně. V prosinci 1961 byl z politických důvodů zatčen a propuštěn byl až v květnu 1962 na amnestii. Do sboru se již nemohl vrátit a odstěhoval se s rodinou do Valteřic.

Farář Mikolášek přišel ze sboru v Pusté Rybné. Za jeho působení byl v letech 1965-1992 opraven a vymalován kostel, zbourány staré hospodářské budovy a postavena garáž. Na faře bylo instalováno ústřední topení a v roce 1980 byla omítnuta fara. Farářem byl až do své smrti, rozloučení se konalo 2. dubna 1992 ve Dvakačovicích a urna je uločena v rodinném hrobě ve Sloupnici.

Farář Machala přišel ze sboru v Rokycanech. Za jeho působení proběhla rozsáhlá oprava kostela v letech 2006 až 2009. Roku 2006 byl kostel přijat mezi státem chráněné památky a byla připravena projektová dokumentace na opravu kostela. Následně proběhlo odvodnění budovy (2007), generální oprava střechy (2008) a kompletní statické zajištění budovy (2009).Celková výše nákladů na opravy dosáhla 2.800 000,-Kč. V únoru 2010 schválen grand EU na fasádu. Prostředky na opravu kostela byly čerpány ze zdrojů Jeronýmovy Jednoty, grantů Pardubického kraje, grantu obce s rozšířenou působností a z grantu Ministerstva kultury ČR. Několik set tisíc korun vybrali na opravu členové FS ve Dvakačovicích.